Theo phương án cổ phần hóa đã được thông qua, Nhà nước nắm giữ từ 51% đến hơn 58% vốn điều lệ tại các đơn vị trên, giá bán khởi điểm là 10 nghìn đồng/cổ phần. Sang năm 2015, đơn vị nào có nhu cầu sẽ bán tiếp phần vốn Nhà nước. Hiện các đơn vị đã xác định xong giá trị doanh nghiệp, phương án sử dụng đất trụ sở (đều chọn phương án thuê). Cùng đó, 7 đơn vị có nhà đầu tư chiến lược đăng ký tham gia. Sau khi chuyển sang doanh nghiệp cổ phần, các đơn vị sẽ có tên gọi là Công ty CP Quản lý bảo trì đường thủy nội địa (kèm theo số hiệu của Đoạn trước đây). 

Theo baogiaothong